SHOGUN v0.9.0
公有成员 | 保护成员 | 保护属性 | 静态保护属性
CDynProg类参考

详细描述

Dynamic Programming Class.

Structure and Function collection. This Class implements a Dynamic Programming functions.

在文件DynProg.h75行定义。

继承图,类CDynProg
Inheritance graph
[图例]

所有成员的列表。

公有成员

 CDynProg (int32_t p_num_svms=8)
virtual ~CDynProg ()
void set_num_states (int32_t N)
int32_t get_num_states ()
int32_t get_num_svms ()
void init_content_svm_value_array (const int32_t p_num_svms)
void init_tiling_data (int32_t *probe_pos, float64_t *intensities, const int32_t num_probes)
void precompute_tiling_plifs (CPlif **PEN, const int32_t *tiling_plif_ids, const int32_t num_tiling_plifs)
void resize_lin_feat (int32_t num_new_feat)
void set_p_vector (float64_t *p, int32_t N)
void set_q_vector (float64_t *q, int32_t N)
void set_a (float64_t *a, int32_t M, int32_t N)
void set_a_id (int32_t *a, int32_t M, int32_t N)
void set_a_trans_matrix (float64_t *a_trans, int32_t num_trans, int32_t N)
void init_mod_words_array (int32_t *p_mod_words_array, int32_t num_elem, int32_t num_columns)
bool check_svm_arrays ()
void set_observation_matrix (float64_t *seq, int32_t *dims, int32_t ndims)
int32_t get_num_positions ()
void set_content_type_array (float64_t *seg_path, int32_t rows, int32_t cols)
void set_pos (int32_t *pos, int32_t seq_len)
void set_orf_info (int32_t *orf_info, int32_t m, int32_t n)
void set_gene_string (char *genestr, int32_t genestr_len)
void set_dict_weights (float64_t *dictionary_weights, int32_t dict_len, int32_t n)
void best_path_set_segment_loss (float64_t *segment_loss, int32_t num_segment_id1, int32_t num_segment_id2)
void best_path_set_segment_ids_mask (int32_t *segment_ids, float64_t *segment_mask, int32_t m)
void set_sparse_features (CSparseFeatures< float64_t > *seq_sparse1, CSparseFeatures< float64_t > *seq_sparse2)
void set_plif_matrices (CPlifMatrix *pm)
void get_scores (float64_t **scores, int32_t *n)
void get_states (int32_t **states, int32_t *m, int32_t *n)
void get_positions (int32_t **positions, int32_t *m, int32_t *n)
void compute_nbest_paths (int32_t max_num_signals, bool use_orf, int16_t nbest, bool with_loss, bool with_multiple_sequences)
void best_path_trans_deriv (int32_t *my_state_seq, int32_t *my_pos_seq, int32_t my_seq_len, const float64_t *seq_array, int32_t max_num_signals)
void set_my_state_seq (int32_t *my_state_seq)
void set_my_pos_seq (int32_t *my_pos_seq)
void get_path_scores (float64_t **my_scores, int32_t *seq_len)
void get_path_losses (float64_t **my_losses, int32_t *seq_len)
T_STATES get_N () const
 access function for number of states N
void set_q (T_STATES offset, float64_t value)
void set_p (T_STATES offset, float64_t value)
void set_a (T_STATES line_, T_STATES column, float64_t value)
float64_t get_q (T_STATES offset) const
float64_t get_q_deriv (T_STATES offset) const
float64_t get_p (T_STATES offset) const
float64_t get_p_deriv (T_STATES offset) const
void precompute_content_values ()
float64_tget_lin_feat (int32_t &dim1, int32_t &dim2)
void set_lin_feat (float64_t *p_lin_feat, int32_t p_num_svms, int32_t p_seq_len)
void create_word_string ()
void precompute_stop_codons ()
float64_t get_a (T_STATES line_, T_STATES column) const
float64_t get_a_deriv (T_STATES line_, T_STATES column) const
void set_intron_list (CIntronList *intron_list, int32_t num_plifs)
CSegmentLossget_segment_loss_object ()
void long_transition_settings (bool use_long_transitions, int32_t threshold, int32_t max_len)

保护成员

void lookup_content_svm_values (const int32_t from_state, const int32_t to_state, const int32_t from_pos, const int32_t to_pos, float64_t *svm_values, int32_t frame)
void lookup_tiling_plif_values (const int32_t from_state, const int32_t to_state, const int32_t len, float64_t *svm_values)
int32_t find_frame (const int32_t from_state)
int32_t raw_intensities_interval_query (const int32_t from_pos, const int32_t to_pos, float64_t *intensities, int32_t type)
bool extend_orf (int32_t orf_from, int32_t orf_to, int32_t start, int32_t &last_pos, int32_t to)
virtual const char * get_name () const

保护属性

int32_t m_num_degrees
int32_t m_num_svms
CArray< int32_t > m_word_degree
CArray< int32_t > m_cum_num_words
int32_t * m_cum_num_words_array
CArray< int32_t > m_num_words
int32_t * m_num_words_array
CArray2< int32_t > m_mod_words
int32_t * m_mod_words_array
CArray< bool > m_sign_words
bool * m_sign_words_array
CArray< int32_t > m_string_words
int32_t * m_string_words_array
CArray< int32_t > m_num_unique_words
bool m_svm_arrays_clean
int32_t m_max_a_id
CArray3< float64_tm_observation_matrix
CArray< int32_t > m_pos
int32_t m_seq_len
CArray2< int32_t > m_orf_info
CArray2< float64_tm_segment_sum_weights
CArray< CPlifBase * > m_plif_list
CArray2< CPlifBase * > m_PEN
CArray2< CPlifBase * > m_PEN_state_signals
CArray< char > m_genestr
uint16_t *** m_wordstr
CArray2< float64_tm_dict_weights
CArray3< float64_tm_segment_loss
CArray< int32_t > m_segment_ids
CArray< float64_tm_segment_mask
CArray< int32_t > m_my_state_seq
CArray< int32_t > m_my_pos_seq
CArray< float64_tm_my_scores
CArray< float64_tm_my_losses
CSegmentLossm_seg_loss_obj
CArray< float64_tm_scores
CArray2< int32_t > m_states
CArray2< int32_t > m_positions
CSparseFeatures< float64_t > * m_seq_sparse1
CSparseFeatures< float64_t > * m_seq_sparse2
CPlifMatrixm_plif_matrices
CArray< bool > m_genestr_stop
CIntronListm_intron_list
int32_t m_num_intron_plifs
CArray2< float64_tm_lin_feat
float64_tm_raw_intensities
int32_t * m_probe_pos
int32_t * m_num_probes_cum
int32_t * m_num_lin_feat_plifs_cum
int32_t m_num_raw_data
bool m_long_transitions
int32_t m_long_transition_threshold
model specific variables.

these are p,q,a,b,N,M etc

int32_t m_N
 number of states
CArray2< int32_t > m_transition_matrix_a_id
 transition matrix
CArray2< float64_tm_transition_matrix_a
CArray2< float64_tm_transition_matrix_a_deriv
CArray< float64_tm_initial_state_distribution_p
 initial distribution of states
CArray< float64_tm_initial_state_distribution_p_deriv
CArray< float64_tm_end_state_distribution_q
 distribution of end-states
CArray< float64_tm_end_state_distribution_q_deriv

静态保护属性

static int32_t word_degree_default [4] = {3,4,5,6}
static int32_t cum_num_words_default [5] = {0,64,320,1344,5440}
static int32_t frame_plifs [3] = {4,5,6}
static int32_t num_words_default [4] = {64,256,1024,4096}
static int32_t mod_words_default [32]
static bool sign_words_default [16]
static int32_t string_words_default [16]

构造及析构函数文档

CDynProg ( int32_t  p_num_svms = 8)

constructor

参数:
p_num_svmsnumber of SVMs

在文件DynProg.cpp48行定义。

~CDynProg ( ) [virtual]

在文件DynProg.cpp147行定义。


成员函数文档

void best_path_set_segment_ids_mask ( int32_t *  segment_ids,
float64_t segment_mask,
int32_t  m 
)

set best path segmend ids mask

参数:
segment_idssegment ids
segment_masksegment mask
mdimension m

在文件DynProg.cpp820行定义。

void best_path_set_segment_loss ( float64_t segment_loss,
int32_t  num_segment_id1,
int32_t  num_segment_id2 
)

set best path segment loss

参数:
segment_losssegment loss
num_segment_id1number of segment id1
num_segment_id2number of segment id2

在文件DynProg.cpp804行定义。

void best_path_trans_deriv ( int32_t *  my_state_seq,
int32_t *  my_pos_seq,
int32_t  my_seq_len,
const float64_t seq_array,
int32_t  max_num_signals 
)

given a path though the state model and the corresponding positions compute the features. This can be seen as the derivative of the score (output of dynamic program) with respect to the parameters

参数:
my_state_seqstate sequence of the path
my_pos_seqsequence of positions
my_seq_lenlength of state and position sequences
seq_arrayarray of features
max_num_signalsmaximal number of signals

在文件DynProg.cpp2080行定义。

bool check_svm_arrays ( )

check SVM arrays call this function to check consistency

返回:
whether arrays are ok

在文件DynProg.cpp606行定义。

void compute_nbest_paths ( int32_t  max_num_signals,
bool  use_orf,
int16_t  nbest,
bool  with_loss,
bool  with_multiple_sequences 
)

run the viterbi algorithm to compute the n best viterbi paths

参数:
max_num_signalsmaximal number of signals for a single state
use_orfwhether orf shall be used
nbestnumber of best paths (n)
with_lossuse loss
with_multiple_sequences!!!not functional set to false!!!

在文件DynProg.cpp966行定义。

void create_word_string ( )

create word string from char* Jonas

在文件DynProg.cpp366行定义。

bool extend_orf ( int32_t  orf_from,
int32_t  orf_to,
int32_t  start,
int32_t &  last_pos,
int32_t  to 
) [protected]

extend orf

参数:
orf_fromorf from
orf_toorf to
startstart
last_poslast position
toto

在文件DynProg.cpp915行定义。

int32_t find_frame ( const int32_t  from_state) [protected]

find frame

参数:
from_statefrom state
float64_t get_a ( T_STATES  line_,
T_STATES  column 
) const

access function for matrix a

参数:
line_row in matrix 0...N-1
columncolumn in matrix 0...N-1
返回:
value at position line colum

在文件DynProg.h471行定义。

float64_t get_a_deriv ( T_STATES  line_,
T_STATES  column 
) const

access function for matrix a derivated

参数:
line_row in matrix 0...N-1
columncolumn in matrix 0...N-1
返回:
value at position line colum

在文件DynProg.h482行定义。

float64_t* get_lin_feat ( int32_t &  dim1,
int32_t &  dim2 
)

return array of precomputed linear features like content predictions and PLiFed tiling array data Jonas

返回:
lin_feat_array

在文件DynProg.h438行定义。

T_STATES get_N ( ) const

access function for number of states N

在文件DynProg.h353行定义。

virtual const char* get_name ( void  ) const [protected, virtual]
返回:
object name

实现了CSGObject

在文件DynProg.h591行定义。

int32_t get_num_positions ( )

get number of positions; the dynamic program is sparse encoded and this function gives the number of positions that can actually be part of a predicted path

返回:
number of positions

在文件DynProg.cpp684行定义。

int32_t get_num_states ( )

get num states

在文件DynProg.cpp239行定义。

int32_t get_num_svms ( )

get num svms

在文件DynProg.cpp195行定义。

float64_t get_p ( T_STATES  offset) const

access function for probability of initial states

参数:
offsetindex 0...N-1
返回:
value at offset

在文件DynProg.h412行定义。

float64_t get_p_deriv ( T_STATES  offset) const

access function for derivated probability of initial states

参数:
offsetindex 0...N-1
返回:
value at offset

在文件DynProg.h422行定义。

void get_path_losses ( float64_t **  my_losses,
int32_t *  seq_len 
)

get path losses

best_path_trans_deriv result retrieval functions

参数:
my_lossesmy losses
seq_lenlength of sequence

在文件DynProg.cpp899行定义。

void get_path_scores ( float64_t **  my_scores,
int32_t *  seq_len 
)

get path scores

best_path_trans_deriv result retrieval functions

参数:
my_scoresscores
seq_lenlength of sequence

在文件DynProg.cpp885行定义。

void get_positions ( int32_t **  positions,
int32_t *  m,
int32_t *  n 
)

best path get positions

参数:
positionspositions
mdimension m
ndimension n

在文件DynProg.cpp870行定义。

float64_t get_q ( T_STATES  offset) const

access function for probability of end states

参数:
offsetindex 0...N-1
返回:
value at offset

在文件DynProg.h392行定义。

float64_t get_q_deriv ( T_STATES  offset) const

access function for derivated probability of end states

参数:
offsetindex 0...N-1
返回:
value at offset

在文件DynProg.h402行定义。

void get_scores ( float64_t **  scores,
int32_t *  n 
)

best path get scores

参数:
scoresscores
ndimension n

在文件DynProg.cpp840行定义。

CSegmentLoss* get_segment_loss_object ( )

get the segment loss object

在文件DynProg.h495行定义。

void get_states ( int32_t **  states,
int32_t *  m,
int32_t *  n 
)

best path get states

参数:
statesstates
mdimension m
ndimension n

在文件DynProg.cpp855行定义。

void init_content_svm_value_array ( const int32_t  p_num_svms)

init CArray for precomputed content svm values with size seq_len x num_svms

参数:
p_num_svms,:number of svm weight vectors for content prediction

在文件DynProg.cpp274行定义。

void init_mod_words_array ( int32_t *  p_mod_words_array,
int32_t  num_elem,
int32_t  num_columns 
)

init mod words array

参数:
p_mod_words_arraynew mod words array
num_elemnumber of array elements
num_columnsnumber of columns

在文件DynProg.cpp583行定义。

void init_tiling_data ( int32_t *  probe_pos,
float64_t intensities,
const int32_t  num_probes 
)

init CArray for precomputed tiling intensitie-plif-values with size seq_len x num_svms

参数:
probe_poslocal positions of probes
intensitiesintensities of probes
num_probesnumber of probes

在文件DynProg.cpp244行定义。

void long_transition_settings ( bool  use_long_transitions,
int32_t  threshold,
int32_t  max_len 
)

settings for long transition handling

参数:
use_long_transitionsuse the long transition approximation
thresholduse long transition for segments larger than
max_lenallow transitions up to

在文件DynProg.h506行定义。

void lookup_content_svm_values ( const int32_t  from_state,
const int32_t  to_state,
const int32_t  from_pos,
const int32_t  to_pos,
float64_t svm_values,
int32_t  frame 
) [protected]

lookup content SVM values

参数:
from_statefrom state
to_stateto state
from_posfrom position
to_posto position
svm_valuesSVM values
frameframe

在文件DynProg.cpp2508行定义。

void lookup_tiling_plif_values ( const int32_t  from_state,
const int32_t  to_state,
const int32_t  len,
float64_t svm_values 
) [protected]

lookup tiling Plif values

参数:
from_statefrom state
to_stateto state
lenlength
svm_valuesSVM values
void precompute_content_values ( )

create array of precomputed content svm values

在文件DynProg.cpp397行定义。

void precompute_stop_codons ( )

precompute stop codons

在文件DynProg.cpp200行定义。

void precompute_tiling_plifs ( CPlif **  PEN,
const int32_t *  tiling_plif_ids,
const int32_t  num_tiling_plifs 
)

precompute tiling Plifs

参数:
PENPlif PEN
tiling_plif_idstiling plif id's
num_tiling_plifsnumber of tiling plifs

在文件DynProg.cpp317行定义。

int32_t raw_intensities_interval_query ( const int32_t  from_pos,
const int32_t  to_pos,
float64_t intensities,
int32_t  type 
) [protected]

raw intensities interval query

参数:
from_posfrom position
to_posto position
intensitiesintensities
typetype
返回:
an integer

在文件DynProg.cpp2482行定义。

void resize_lin_feat ( int32_t  num_new_feat)

append rows to linear features array

参数:
num_new_featnumber of new rows to add

在文件DynProg.cpp284行定义。

void set_a ( float64_t a,
int32_t  M,
int32_t  N 
)

set matrix a

参数:
anew matrix a
Mdimension M of matrix a
Ndimension N of matrix a

在文件DynProg.cpp462行定义。

void set_a ( T_STATES  line_,
T_STATES  column,
float64_t  value 
)

access function for matrix a

参数:
line_row in matrix 0...N-1
columncolumn in matrix 0...N-1
valuevalue to be set

在文件DynProg.h382行定义。

void set_a_id ( int32_t *  a,
int32_t  M,
int32_t  N 
)

set a id

参数:
anew a id (identity?)
Mdimension M of matrix a
Ndimension N of matrix a

在文件DynProg.cpp470行定义。

void set_a_trans_matrix ( float64_t a_trans,
int32_t  num_trans,
int32_t  N 
)

set a transition matrix

参数:
a_transtransition matrix a
num_transnumber of transitions
Ndimension N of matrix a

在文件DynProg.cpp483行定义。

void set_content_type_array ( float64_t seg_path,
int32_t  rows,
int32_t  cols 
)

set an array of length #(candidate positions) which specifies the content type of each pos and a mask that determines to which extend the loss should be applied to this position; this is a way to encode label confidence via weights between zero and one

参数:
seg_pathseg path
rowsrows
colscols

在文件DynProg.cpp689行定义。

void set_dict_weights ( float64_t dictionary_weights,
int32_t  dict_len,
int32_t  n 
)

set best path dict weights

参数:
dictionary_weightsdictionary weights
dict_lenlength of dictionary weights
ndimension n

在文件DynProg.cpp787行定义。

void set_gene_string ( char *  genestr,
int32_t  genestr_len 
)

set best path genesstr

参数:
genestrgene string
genestr_lenlength of gene string

在文件DynProg.cpp763行定义。

void set_intron_list ( CIntronList intron_list,
int32_t  num_plifs 
)

set intron list

参数:
intron_list
num_plifsnumber of intron plifs

在文件DynProg.cpp2561行定义。

void set_lin_feat ( float64_t p_lin_feat,
int32_t  p_num_svms,
int32_t  p_seq_len 
)

set your own array of precomputed linear features like content predictions and PLiFed tiling array data Jonas

参数:
p_lin_featarray of features
p_num_svmsnumber of tracks
p_seq_lennumber of candidate positions

在文件DynProg.h451行定义。

void set_my_pos_seq ( int32_t *  my_pos_seq)

set best path my position sequence

参数:
my_pos_seqmy position sequence

在文件DynProg.cpp779行定义。

void set_my_state_seq ( int32_t *  my_state_seq)

set best path my state sequence

参数:
my_state_seqmy state sequence

在文件DynProg.cpp771行定义。

void set_num_states ( int32_t  N)

set number of states use this to set N first

参数:
Nnew N

在文件DynProg.cpp223行定义。

void set_observation_matrix ( float64_t seq,
int32_t *  dims,
int32_t  ndims 
)

set best path seq

参数:
seqsignal features
dimsdimensions
ndimsnumber of dimensions

在文件DynProg.cpp662行定义。

void set_orf_info ( int32_t *  orf_info,
int32_t  m,
int32_t  n 
)

set best path orf info only for compute_nbest_paths

参数:
orf_infothe orf info
mdimension m
ndimension n

在文件DynProg.cpp731行定义。

void set_p ( T_STATES  offset,
float64_t  value 
)

access function for probability of first state

参数:
offsetindex 0...N-1
valuevalue to be set

在文件DynProg.h371行定义。

void set_p_vector ( float64_t p,
int32_t  N 
)

set vector p

参数:
pnew vector p
Nsize of vector p

在文件DynProg.cpp447行定义。

void set_plif_matrices ( CPlifMatrix pm)

set plif matrices

参数:
pmplif matrix object

在文件DynProg.cpp754行定义。

void set_pos ( int32_t *  pos,
int32_t  seq_len 
)

set best path pos

参数:
posthe position
seq_lenlength of sequence

在文件DynProg.cpp722行定义。

void set_q ( T_STATES  offset,
float64_t  value 
)

access function for probability of end states

参数:
offsetindex 0...N-1
valuevalue to be set

在文件DynProg.h362行定义。

void set_q_vector ( float64_t q,
int32_t  N 
)

set vector q

参数:
qnew vector q
Nsize of vector q

在文件DynProg.cpp455行定义。

void set_sparse_features ( CSparseFeatures< float64_t > *  seq_sparse1,
CSparseFeatures< float64_t > *  seq_sparse2 
)

set sparse feature matrices

在文件DynProg.cpp740行定义。


成员数据文档

int32_t cum_num_words_default = {0,64,320,1344,5440} [static, protected]

default values storing the cumulative sum of the number of kmers that exist for the different degrees e.g. matlab spoken: cumsum(4.^[3 4 5 6])

在文件DynProg.h803行定义。

int32_t frame_plifs = {4,5,6} [static, protected]

default values defining which of the plif are the frame specific plifs

在文件DynProg.h807行定义。

CArray<int32_t> m_cum_num_words [protected]

cum num words

在文件DynProg.h656行定义。

int32_t* m_cum_num_words_array [protected]

cum num words array

在文件DynProg.h658行定义。

dict weights

在文件DynProg.h720行定义。

distribution of end-states

在文件DynProg.h643行定义。

在文件DynProg.h644行定义。

CArray<char> m_genestr [protected]

a single string (to be segmented)

在文件DynProg.h703行定义。

CArray<bool> m_genestr_stop [protected]

storeage of stop codons array of size length(sequence)

在文件DynProg.h758行定义。

initial distribution of states

在文件DynProg.h639行定义。

在文件DynProg.h640行定义。

CIntronList* m_intron_list [protected]

administers a list of introns and quality scores and provides functions for fast access

在文件DynProg.h762行定义。

array for storage of precomputed linear features linge content svm values or pliffed tiling data Jonas

在文件DynProg.h771行定义。

int32_t m_long_transition_threshold [protected]

threshold for transitions that are computed the traditional way

在文件DynProg.h788行定义。

bool m_long_transitions [protected]

use long transition approximation

在文件DynProg.h785行定义。

int32_t m_max_a_id [protected]

max a id

在文件DynProg.h683行定义。

CArray2<int32_t> m_mod_words [protected]

mod words

在文件DynProg.h664行定义。

int32_t* m_mod_words_array [protected]

mod words array

在文件DynProg.h666行定义。

my losses

在文件DynProg.h734行定义。

CArray<int32_t> m_my_pos_seq [protected]

my position sequence

在文件DynProg.h730行定义。

my scores

在文件DynProg.h732行定义。

CArray<int32_t> m_my_state_seq [protected]

my state seq

在文件DynProg.h728行定义。

int32_t m_N [protected]

number of states

在文件DynProg.h631行定义。

int32_t m_num_degrees [protected]

number of degress

在文件DynProg.h649行定义。

int32_t m_num_intron_plifs [protected]

number of intron features and plifs

在文件DynProg.h765行定义。

int32_t* m_num_lin_feat_plifs_cum [protected]

num lin feat plifs cum

在文件DynProg.h780行定义。

int32_t* m_num_probes_cum [protected]

number of probes

在文件DynProg.h778行定义。

int32_t m_num_raw_data [protected]

number of additional data tracks like tiling, RNA-Seq, ...

在文件DynProg.h782行定义。

int32_t m_num_svms [protected]

number of SVMs

在文件DynProg.h651行定义。

CArray<int32_t> m_num_unique_words [protected]

SVM start position number of unique words

在文件DynProg.h679行定义。

CArray<int32_t> m_num_words [protected]

num words

在文件DynProg.h660行定义。

int32_t* m_num_words_array [protected]

num words array

在文件DynProg.h662行定义。

sequence

在文件DynProg.h687行定义。

CArray2<int32_t> m_orf_info [protected]

orf info

在文件DynProg.h693行定义。

CArray2<CPlifBase*> m_PEN [protected]

PEN

在文件DynProg.h699行定义。

PEN state signals

在文件DynProg.h701行定义。

CArray<CPlifBase*> m_plif_list [protected]

Plif list

在文件DynProg.h697行定义。

plif matrices

在文件DynProg.h753行定义。

CArray<int32_t> m_pos [protected]

candidate position

在文件DynProg.h689行定义。

CArray2<int32_t> m_positions [protected]

positions

在文件DynProg.h746行定义。

int32_t* m_probe_pos [protected]

probe position

在文件DynProg.h776行定义。

raw intensities

在文件DynProg.h774行定义。

CArray<float64_t> m_scores [protected]

scores

在文件DynProg.h742行定义。

segment loss object containing the functions to compute the segment loss

在文件DynProg.h738行定义。

CArray<int32_t> m_segment_ids [protected]

segment IDs

在文件DynProg.h724行定义。

segment loss

在文件DynProg.h722行定义。

segment mask

在文件DynProg.h726行定义。

segment sum weights

在文件DynProg.h695行定义。

int32_t m_seq_len [protected]

number of candidate positions

在文件DynProg.h691行定义。

sparse feature matrix dim1

在文件DynProg.h749行定义。

sparse feature matrix dim2

在文件DynProg.h751行定义。

CArray<bool> m_sign_words [protected]

sign words

在文件DynProg.h668行定义。

bool* m_sign_words_array [protected]

sign words array

在文件DynProg.h670行定义。

CArray2<int32_t> m_states [protected]

states

在文件DynProg.h744行定义。

CArray<int32_t> m_string_words [protected]

string words

在文件DynProg.h672行定义。

int32_t* m_string_words_array [protected]

string words array

在文件DynProg.h674行定义。

bool m_svm_arrays_clean [protected]

SVM arrays clean

在文件DynProg.h681行定义。

在文件DynProg.h635行定义。

在文件DynProg.h636行定义。

CArray2<int32_t> m_transition_matrix_a_id [protected]

transition matrix

在文件DynProg.h634行定义。

CArray<int32_t> m_word_degree [protected]

word degree

在文件DynProg.h654行定义。

uint16_t*** m_wordstr [protected]

wordstr is a vector of L n-gram indices, with wordstr(i) representing a number betweeen 0 and 4095 corresponding to the 6-mer in genestr(i-5:i) pos is a vector of candidate transition positions (it is input to compute_nbest_paths) t_end is some index in pos

svs has been initialized by init_svm_values

At the end of this procedure, svs.svm_values[i+s*svs.seqlen] has the value of the s-th SVM on genestr(pos(t_end-i):pos(t_end)) for every i satisfying pos(t_end)-pos(t_end-i) <= svs.maxlookback

The SVM weights are precomputed in m_dict_weights

在文件DynProg.h718行定义。

int32_t mod_words_default [static, protected]
初始化序列:
 {1,1,1,1,1,1,1,1,
                                    1,1,1,1,1,1,1,1,
                                    0,0,0,0,0,0,0,0,
                                    0,0,0,0,0,0,0,0}

default values

在文件DynProg.h814行定义。

int32_t num_words_default = {64,256,1024,4096} [static, protected]

default values like cum_num_words_default but not cumsumed: e.g. 4.^[3 4 5 6]

在文件DynProg.h811行定义。

bool sign_words_default [static, protected]
初始化序列:
 {true,true,true,true,true,true,true,true,
                                      false,false,false,false,false,false,false,false}

default values

在文件DynProg.h817行定义。

int32_t string_words_default [static, protected]
初始化序列:
 {0,0,0,0,0,0,0,0,
                                       1,1,1,1,1,1,1,1}

default values

在文件DynProg.h820行定义。

int32_t word_degree_default = {3,4,5,6} [static, protected]

maximal length of a long transition Note: is ignored in the current implementation => arbitrarily long transitions can be decodeddefault values defining the k-mer degrees used for content type prediction

在文件DynProg.h798行定义。


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