SHOGUN v0.9.0
公有成员 | 保护成员 | 保护属性 | 静态保护属性
CLocalAlignmentStringKernel类参考

详细描述

The LocalAlignmentString kernel compares two sequences through all possible local alignments between the two sequences.

The implementation is taken from http://www.mloss.org/software/view/40/ and only adjusted to work with shogun.

在文件LocalAlignmentStringKernel.h27行定义。

继承图,类CLocalAlignmentStringKernel
Inheritance graph
[图例]

所有成员的列表。

公有成员

 CLocalAlignmentStringKernel (int32_t size=0)
 CLocalAlignmentStringKernel (CStringFeatures< char > *l, CStringFeatures< char > *r, float64_t opening=12, float64_t extension=2)
virtual ~CLocalAlignmentStringKernel ()
virtual bool init (CFeatures *l, CFeatures *r)
virtual void cleanup ()
virtual EKernelType get_kernel_type ()
virtual const char * get_name () const

保护成员

virtual float64_t compute (int32_t idx_a, int32_t idx_b)

保护属性

bool initialized
int32_t * isAA
int32_t * aaIndex
int32_t m_opening
int32_t m_extension
int32_t * scaled_blosum

静态保护属性

static int32_t logsum_lookup [LOGSUM_TBL]
static const int32_t blosum []
static const char * aaList = "ARNDCQEGHILKMFPSTWYV"

构造及析构函数文档

CLocalAlignmentStringKernel ( int32_t  size = 0)

constructor

参数:
sizecache size

在文件LocalAlignmentStringKernel.cpp94行定义。

CLocalAlignmentStringKernel ( CStringFeatures< char > *  l,
CStringFeatures< char > *  r,
float64_t  opening = 12,
float64_t  extension = 2 
)

constructor

参数:
lfeatures of left-hand side
rfeatures of right-hand side
openinggap opening penalty
extensiongap extension penalty

在文件LocalAlignmentStringKernel.cpp101行定义。

在文件LocalAlignmentStringKernel.cpp113行定义。


成员函数文档

void cleanup ( ) [virtual]

clean up kernel

重载CKernel

在文件LocalAlignmentStringKernel.cpp125行定义。

float64_t compute ( int32_t  idx_a,
int32_t  idx_b 
) [protected, virtual]

compute kernel function for features a and b idx_{a,b} denote the index of the feature vectors in the corresponding feature object

参数:
idx_aindex a
idx_bindex b
返回:
computed kernel function at indices a,b

实现了CKernel

在文件LocalAlignmentStringKernel.cpp358行定义。

virtual EKernelType get_kernel_type ( ) [virtual]

return what type of kernel we are

返回:
kernel type LOCALALIGNMENT

实现了CStringKernel< char >

在文件LocalAlignmentStringKernel.h63行定义。

virtual const char* get_name ( void  ) const [virtual]

return the kernel's name

返回:
name LocalAlignment

重载CStringKernel< char >

在文件LocalAlignmentStringKernel.h72行定义。

bool init ( CFeatures l,
CFeatures r 
) [virtual]

initialize kernel

参数:
lfeatures of left-hand side
rfeatures of right-hand side
返回:
if initializing was successful

重载CStringKernel< char >

在文件LocalAlignmentStringKernel.cpp118行定义。


成员数据文档

int32_t* aaIndex [protected]

correspondance between amino-acid letter and index

在文件LocalAlignmentStringKernel.h130行定义。

const char * aaList = "ARNDCQEGHILKMFPSTWYV" [static, protected]

List of amino acids

在文件LocalAlignmentStringKernel.h144行定义。

const int32_t blosum [static, protected]
初始化序列:
 {
  6,
 -2,   8,
 -2,  -1,   9,
  -3,  -2,   2,   9,
  -1,  -5,  -4,  -5,  13,
  -1,   1,   0,   0,  -4,   8,
  -1,   0,   0,   2,  -5,   3,   7,
  0,  -3,  -1,  -2,  -4,  -3,  -3,   8,
  -2,   0,   1,  -2,  -4,   1,   0,  -3,  11,
  -2,  -5,  -5,  -5,  -2,  -4,  -5,  -6,  -5,   6,
  -2,  -3,  -5,  -5,  -2,  -3,  -4,  -5,  -4,   2,   6,
  -1,   3,   0,  -1,  -5,   2,   1,  -2,  -1,  -4,  -4,   7,
  -1,  -2,  -3,  -5,  -2,  -1,  -3,  -4,  -2,   2,   3,  -2,   8,
  -3,  -4,  -5,  -5,  -4,  -5,  -5,  -5,  -2,   0,   1,  -5,   0,   9,
  -1,  -3,  -3,  -2,  -4,  -2,  -2,  -3,  -3,  -4,  -4,  -2,  -4,  -5,  11,
  2,  -1,   1,   0,  -1,   0,   0,   0,  -1,  -4,  -4,   0,  -2,  -4,  -1,   6,
  0,  -2,   0,  -2,  -1,  -1,  -1,  -2,  -3,  -1,  -2,  -1,  -1,  -3,  -2,   2,   7,
  -4,  -4,  -6,  -6,  -3,  -3,  -4,  -4,  -4,  -4,  -2,  -4,  -2,   1,  -6,  -4,  -4,  16,
  -3,  -3,  -3,  -5,  -4,  -2,  -3,  -5,   3,  -2,  -2,  -3,  -1,   4,  -4,  -3,  -2,   3,  10,
  0,  -4,  -4,  -5,  -1,  -3,  -4,  -5,  -5,   4,   1,  -3,   1,  -1,  -4,  -2,   0,  -4,  -2,   6}

static blosum

在文件LocalAlignmentStringKernel.h140行定义。

bool initialized [protected]

if kernel is initialized

在文件LocalAlignmentStringKernel.h125行定义。

int32_t* isAA [protected]

indicates whether a char is an amino-acid

在文件LocalAlignmentStringKernel.h128行定义。

int32_t logsum_lookup [static, protected]

static logsum lookup

在文件LocalAlignmentStringKernel.h138行定义。

int32_t m_extension [protected]

gap penalty extension

在文件LocalAlignmentStringKernel.h135行定义。

int32_t m_opening [protected]

gap penalty opening

在文件LocalAlignmentStringKernel.h133行定义。

int32_t* scaled_blosum [protected]

scaled blosum

在文件LocalAlignmentStringKernel.h142行定义。


该类的文档由以下文件生成:

SHOGUN Machine Learning Toolbox - Documentation