SHOGUN v0.9.0
|
The class SNPStringKernel computes a variant of the polynomial kernel on strings of same length.
It is computed as FIXME
where I is the indicator function which evaluates to 1 if its argument is true and to 0 otherwise.
Note that additional normalisation is applied, i.e.
在文件SNPStringKernel.h第36行定义。
公有成员 | |
CSNPStringKernel (void) | |
CSNPStringKernel (int32_t size, int32_t degree, int32_t win_len, bool inhomogene) | |
CSNPStringKernel (CStringFeatures< char > *l, CStringFeatures< char > *r, int32_t degree, int32_t win_len, bool inhomogene) | |
virtual | ~CSNPStringKernel () |
virtual bool | init (CFeatures *l, CFeatures *r) |
virtual void | cleanup () |
virtual EKernelType | get_kernel_type () |
void | set_minor_base_string (const char *str) |
void | set_major_base_string (const char *str) |
char * | get_minor_base_string () |
char * | get_major_base_string () |
void | obtain_base_strings () |
virtual const char * | get_name () const |
保护成员 | |
virtual float64_t | compute (int32_t idx_a, int32_t idx_b) |
保护属性 | |
int32_t | m_degree |
int32_t | m_win_len |
bool | m_inhomogene |
int32_t | m_str_len |
char * | m_str_min |
char * | m_str_maj |
CSNPStringKernel | ( | void | ) |
default constructor
在文件SNPStringKernel.cpp第20行定义。
CSNPStringKernel | ( | int32_t | size, |
int32_t | degree, | ||
int32_t | win_len, | ||
bool | inhomogene | ||
) |
constructor
size | cache size |
degree | degree |
win_len | length of local window |
inhomogene | whether inhomogeneous poly |
在文件SNPStringKernel.cpp第31行定义。
CSNPStringKernel | ( | CStringFeatures< char > * | l, |
CStringFeatures< char > * | r, | ||
int32_t | degree, | ||
int32_t | win_len, | ||
bool | inhomogene | ||
) |
constructor
l | features of left-hand side |
r | features of right-hand side |
degree | degree |
win_len | length of local window |
inhomogene | whether inhomogeneous poly |
在文件SNPStringKernel.cpp第41行定义。
~CSNPStringKernel | ( | ) | [virtual] |
在文件SNPStringKernel.cpp第55行定义。
void cleanup | ( | ) | [virtual] |
float64_t compute | ( | int32_t | idx_a, |
int32_t | idx_b | ||
) | [protected, virtual] |
compute kernel function for features a and b idx_{a,b} denote the index of the feature vectors in the corresponding feature object
idx_a | index a |
idx_b | index b |
实现了CKernel。
在文件SNPStringKernel.cpp第128行定义。
virtual EKernelType get_kernel_type | ( | ) | [virtual] |
char* get_major_base_string | ( | ) |
在文件SNPStringKernel.h第100行定义。
char* get_minor_base_string | ( | ) |
在文件SNPStringKernel.h第95行定义。
virtual const char* get_name | ( | void | ) | const [virtual] |
initialize kernel
l | features of left-hand side |
r | features of right-hand side |
在文件SNPStringKernel.cpp第60行定义。
void obtain_base_strings | ( | ) |
在文件SNPStringKernel.cpp第73行定义。
void set_major_base_string | ( | const char * | str | ) |
在文件SNPStringKernel.h第90行定义。
void set_minor_base_string | ( | const char * | str | ) |
在文件SNPStringKernel.h第85行定义。
int32_t m_degree [protected] |
degree
在文件SNPStringKernel.h第126行定义。
bool m_inhomogene [protected] |
inhomogeneous poly kernel ?
在文件SNPStringKernel.h第131行定义。
int32_t m_str_len [protected] |
total string length / must match length of min/maj strings and string length of each vector
在文件SNPStringKernel.h第135行定义。
char* m_str_maj [protected] |
allele B
在文件SNPStringKernel.h第140行定义。
char* m_str_min [protected] |
allele A
在文件SNPStringKernel.h第138行定义。
int32_t m_win_len [protected] |
window length
在文件SNPStringKernel.h第128行定义。