SHOGUN v0.9.0
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在文件SpectrumRBFKernel.h第30行定义。
CSpectrumRBFKernel | ( | void | ) |
default constructor
在文件SpectrumRBFKernel.cpp第39行定义。
CSpectrumRBFKernel | ( | int32_t | size, |
float64_t * | AA_matrix, | ||
int32_t | degree, | ||
float64_t | width | ||
) |
CSpectrumRBFKernel | ( | CStringFeatures< char > * | l, |
CStringFeatures< char > * | r, | ||
int32_t | size, | ||
float64_t * | AA_matrix, | ||
int32_t | degree, | ||
float64_t | width | ||
) |
constructor
l | features of left-hand side |
r | features of right-hand side |
degree | degree |
在文件SpectrumRBFKernel.cpp第79行定义。
~CSpectrumRBFKernel | ( | ) | [virtual] |
在文件SpectrumRBFKernel.cpp第91行定义。
float64_t AA_helper | ( | const char * | path, |
const int | degree, | ||
const char * | joint_seq, | ||
unsigned int | index | ||
) | [protected] |
在文件SpectrumRBFKernel.cpp第343行定义。
void cleanup | ( | ) | [virtual] |
float64_t compute | ( | int32_t | idx_a, |
int32_t | idx_b | ||
) | [protected, virtual] |
compute kernel function for features a and b idx_{a,b} denote the index of the feature vectors in the corresponding feature object
idx_a | index a |
idx_b | index b |
实现了CKernel。
在文件SpectrumRBFKernel.cpp第365行定义。
int32_t get_degree | ( | ) | const |
int32_t get_degree | ( | ) |
virtual EKernelType get_kernel_type | ( | ) | [virtual] |
virtual const char* get_name | ( | void | ) | const [virtual] |
initialize kernel
l | features of left-hand side |
r | features of right-hand side |
在文件SpectrumRBFKernel.cpp第292行定义。
void read_profiles_and_sequences | ( | ) | [protected] |
在文件SpectrumRBFKernel.cpp第104行定义。
void remove_lhs | ( | ) | [protected, virtual] |
bool set_AA_matrix | ( | float64_t * | AA_matrix_ | ) |
在文件SpectrumRBFKernel.cpp第388行定义。
bool set_degree | ( | int32_t | deg | ) |
maximum mismatch 128x128 scalar product matrix
在文件SpectrumRBFKernel.h第130行定义。
alphabet of features
在文件SpectrumRBFKernel.h第125行定义。
int32_t degree [protected] |
degree
在文件SpectrumRBFKernel.h第127行定义。
bool initialized [protected] |
if kernel is initialized
在文件SpectrumRBFKernel.h第145行定义。
CArray2<float64_t> kernel_matrix [protected] |
this *COULD* store the whole kernel matrix usually not applicable / necessary to compute the whole matrix
重载CKernel。
在文件SpectrumRBFKernel.h第149行定义。
int32_t max_mismatch [protected] |
在文件SpectrumRBFKernel.h第147行定义。
int32_t max_sequence_length [protected] |
在文件SpectrumRBFKernel.h第142行定义。
int32_t nof_sequences [protected] |
在文件SpectrumRBFKernel.h第141行定义。
在文件SpectrumRBFKernel.h第137行定义。
std::vector<std::string> sequence_labels [protected] |
在文件SpectrumRBFKernel.h第138行定义。
在文件SpectrumRBFKernel.h第139行定义。
CStringFeatures<char>* string_features [protected] |
在文件SpectrumRBFKernel.h第140行定义。
int32_t target_letter_0 [protected] |
在文件SpectrumRBFKernel.h第150行定义。
width of Gaussian
在文件SpectrumRBFKernel.h第132行定义。