SHOGUN v0.9.0
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The SalzbergWordString kernel implements the Salzberg kernel.
It is described in
Engineering Support Vector Machine Kernels That Recognize Translation Initiation Sites A. Zien, G.Raetsch, S. Mika, B. Schoelkopf, T. Lengauer, K.-R. Mueller
在文件SalzbergWordStringKernel.h第29行定义。
公有成员 | |
CSalzbergWordStringKernel () | |
CSalzbergWordStringKernel (int32_t size, CPluginEstimate *pie, CLabels *labels=NULL) | |
CSalzbergWordStringKernel (CStringFeatures< uint16_t > *l, CStringFeatures< uint16_t > *r, CPluginEstimate *pie, CLabels *labels=NULL) | |
virtual | ~CSalzbergWordStringKernel () |
void | set_prior_probs (float64_t pos_prior_, float64_t neg_prior_) |
void | set_prior_probs_from_labels (CLabels *labels) |
virtual bool | init (CFeatures *l, CFeatures *r) |
virtual void | cleanup () |
virtual EKernelType | get_kernel_type () |
virtual const char * | get_name () const |
保护成员 | |
float64_t | compute (int32_t idx_a, int32_t idx_b) |
int32_t | compute_index (int32_t position, uint16_t symbol) |
保护属性 | |
CPluginEstimate * | estimate |
float64_t * | mean |
float64_t * | variance |
float64_t * | sqrtdiag_lhs |
float64_t * | sqrtdiag_rhs |
float64_t * | ld_mean_lhs |
float64_t * | ld_mean_rhs |
int32_t | num_params |
int32_t | num_symbols |
float64_t | sum_m2_s2 |
float64_t | pos_prior |
float64_t | neg_prior |
bool | initialized |
default constructor
在文件SalzbergWordStringKernel.cpp第21行定义。
CSalzbergWordStringKernel | ( | int32_t | size, |
CPluginEstimate * | pie, | ||
CLabels * | labels = NULL |
||
) |
constructor
size | cache size |
pie | the plugin estimate |
labels | optional labels to set prior from |
在文件SalzbergWordStringKernel.cpp第27行定义。
CSalzbergWordStringKernel | ( | CStringFeatures< uint16_t > * | l, |
CStringFeatures< uint16_t > * | r, | ||
CPluginEstimate * | pie, | ||
CLabels * | labels = NULL |
||
) |
constructor
l | features of left-hand side |
r | features of right-hand side |
pie | the plugin estimate |
labels | optional labels to set prior from |
在文件SalzbergWordStringKernel.cpp第37行定义。
~CSalzbergWordStringKernel | ( | ) | [virtual] |
在文件SalzbergWordStringKernel.cpp第51行定义。
void cleanup | ( | ) | [virtual] |
float64_t compute | ( | int32_t | idx_a, |
int32_t | idx_b | ||
) | [protected, virtual] |
compute kernel function for features a and b idx_{a,b} denote the index of the feature vectors in the corresponding feature object
idx_a | index a |
idx_b | index b |
实现了CKernel。
在文件SalzbergWordStringKernel.cpp第317行定义。
int32_t compute_index | ( | int32_t | position, |
uint16_t | symbol | ||
) | [protected] |
compute index of given symbol at given position
position | position |
symbol | symbol |
在文件SalzbergWordStringKernel.h第116行定义。
virtual EKernelType get_kernel_type | ( | ) | [virtual] |
virtual const char* get_name | ( | void | ) | const [virtual] |
initialize kernel
l | features of left-hand side |
r | features of right-hand side |
在文件SalzbergWordStringKernel.cpp第56行定义。
set prior probs
pos_prior_ | positive prior |
neg_prior_ | negative prior |
在文件SalzbergWordStringKernel.h第61行定义。
void set_prior_probs_from_labels | ( | CLabels * | labels | ) |
set prior probs from labels
labels | labels to set prior probabilites from |
在文件SalzbergWordStringKernel.cpp第352行定义。
CPluginEstimate* estimate [protected] |
the plugin estimate
在文件SalzbergWordStringKernel.h第125行定义。
bool initialized [protected] |
if kernel is initialized
在文件SalzbergWordStringKernel.h第153行定义。
float64_t* ld_mean_lhs [protected] |
ld mean left-hand side
在文件SalzbergWordStringKernel.h第138行定义。
float64_t* ld_mean_rhs [protected] |
ld mean right-hand side
在文件SalzbergWordStringKernel.h第140行定义。
mean
在文件SalzbergWordStringKernel.h第128行定义。
negative prior
在文件SalzbergWordStringKernel.h第151行定义。
int32_t num_params [protected] |
number of params
在文件SalzbergWordStringKernel.h第143行定义。
int32_t num_symbols [protected] |
number of symbols
在文件SalzbergWordStringKernel.h第145行定义。
positive prior
在文件SalzbergWordStringKernel.h第149行定义。
float64_t* sqrtdiag_lhs [protected] |
sqrt diagonal of left-hand side
在文件SalzbergWordStringKernel.h第133行定义。
float64_t* sqrtdiag_rhs [protected] |
sqrt diagonal of right-hand side
在文件SalzbergWordStringKernel.h第135行定义。
sum m2 s2
在文件SalzbergWordStringKernel.h第147行定义。
variance
在文件SalzbergWordStringKernel.h第130行定义。