CRegulatoryModulesStringKernel类参考


详细描述

The Regulaty Modules kernel, based on the WD kernel, as published in Schultheiss et al., Bioinformatics (2009) on regulatory sequences.

在文件RegulatoryModulesStringKernel.h25行定义。

继承图,类CRegulatoryModulesStringKernel
Inheritance graph
[图例]

所有成员的列表。

公有成员

 CRegulatoryModulesStringKernel (int32_t size, float64_t width, int32_t degree, int32_t shift, int32_t window)
 CRegulatoryModulesStringKernel (CStringFeatures< char > *lstr, CStringFeatures< char > *rstr, CSimpleFeatures< uint16_t > *lpos, CSimpleFeatures< uint16_t > *rpos, float64_t width, int32_t degree, int32_t shift, int32_t window, int32_t size=10)
virtual ~CRegulatoryModulesStringKernel ()
virtual bool init (CFeatures *l, CFeatures *r)
virtual EKernelType get_kernel_type ()
virtual const char * get_name () const
void set_motif_positions (CSimpleFeatures< uint16_t > *positions_lhs, CSimpleFeatures< uint16_t > *positions_rhs)

保护成员

virtual float64_t compute (int32_t idx_a, int32_t idx_b)
float64_t compute_wds (char *avec, char *bvec, int32_t len)
void set_wd_weights ()

保护属性

float64_t width
int32_t degree
int32_t shift
int32_t window
CSimpleFeatures< uint16_t > * motif_positions_lhs
CSimpleFeatures< uint16_t > * motif_positions_rhs
float64_tposition_weights
float64_tweights

构造及析构函数文档

CRegulatoryModulesStringKernel ( int32_t  size,
float64_t  width,
int32_t  degree,
int32_t  shift,
int32_t  window 
)

constructor

参数:
size cache size
width width of gaussian kernel
degree degree of wds kernel
shift shift of wds kernel
window size of window around motifs to compute wds kernels on

在文件RegulatoryModulesStringKernel.cpp19行定义。

CRegulatoryModulesStringKernel ( CStringFeatures< char > *  lstr,
CStringFeatures< char > *  rstr,
CSimpleFeatures< uint16_t > *  lpos,
CSimpleFeatures< uint16_t > *  rpos,
float64_t  width,
int32_t  degree,
int32_t  shift,
int32_t  window,
int32_t  size = 10 
)

constructor

参数:
lstr string features of left-hand side
rstr string features of right-hand side
lpos motif positions on lhs
rpos motif positions on rhs
width width of gaussian kernel
degree degree of wds kernel
shift shift of wds kernel
window size of window around motifs to compute wds kernels on
size cache size

在文件RegulatoryModulesStringKernel.cpp26行定义。

~CRegulatoryModulesStringKernel (  )  [virtual]

default destructor

在文件RegulatoryModulesStringKernel.cpp36行定义。


成员函数文档

float64_t compute ( int32_t  idx_a,
int32_t  idx_b 
) [protected, virtual]

compute kernel function for features a and b idx_{a,b} denote the index of the feature vectors in the corresponding feature object

参数:
idx_a index a
idx_b index b
返回:
computed kernel function at indices a,b

实现了CKernel

在文件RegulatoryModulesStringKernel.cpp75行定义。

float64_t compute_wds ( char *  avec,
char *  bvec,
int32_t  len 
) [protected]

compute WDS kernel for features a and b

参数:
avec vector a
bvec vector b
len length of string
返回:
computed kernel function

在文件RegulatoryModulesStringKernel.cpp124行定义。

virtual EKernelType get_kernel_type (  )  [virtual]

return what type of kernel we are

返回:
kernel type

实现了CKernel

在文件RegulatoryModulesStringKernel.h69行定义。

virtual const char* get_name (  )  const [virtual]

return the kernel's name

返回:
name Regulatory Modules

实现了CSGObject

在文件RegulatoryModulesStringKernel.h75行定义。

bool init ( CFeatures l,
CFeatures r 
) [virtual]

initialize kernel

参数:
l features of left-hand side
r features of right-hand side
返回:
if initializing was successful

重载CStringKernel< char >

在文件RegulatoryModulesStringKernel.cpp42行定义。

void set_motif_positions ( CSimpleFeatures< uint16_t > *  positions_lhs,
CSimpleFeatures< uint16_t > *  positions_rhs 
)

set motif positions

参数:
positions_lhs motif positions on lhs
positions_rhs motif positions on rhs

在文件RegulatoryModulesStringKernel.cpp59行定义。

void set_wd_weights (  )  [protected]

set standard weighted degree kernel weighting

在文件RegulatoryModulesStringKernel.cpp189行定义。


成员数据文档

int32_t degree [protected]

degree of Weighted Degree kernel part

在文件RegulatoryModulesStringKernel.h114行定义。

CSimpleFeatures<uint16_t>* motif_positions_lhs [protected]

Matrix of motif positions from sequences left-hand side

在文件RegulatoryModulesStringKernel.h122行定义。

CSimpleFeatures<uint16_t>* motif_positions_rhs [protected]

Matrix of motif positions from sequences right-hand side

在文件RegulatoryModulesStringKernel.h125行定义。

scaling weights in window

在文件RegulatoryModulesStringKernel.h128行定义。

int32_t shift [protected]

shift of Weighted Degree with Shifts kernel part

在文件RegulatoryModulesStringKernel.h116行定义。

float64_t* weights [protected]

weights of WD kernel

在文件RegulatoryModulesStringKernel.h131行定义。

float64_t width [protected]

width of Gaussian kernel part

在文件RegulatoryModulesStringKernel.h111行定义。

int32_t window [protected]

size of window around motifs

在文件RegulatoryModulesStringKernel.h119行定义。


该类的文档由以下文件生成:

SHOGUN Machine Learning Toolbox - Documentation