CSalzbergWordStringKernel类参考


详细描述

The SalzbergWordString kernel implements the Salzberg kernel.

It is described in

Engineering Support Vector Machine Kernels That Recognize Translation Initiation Sites A. Zien, G.Raetsch, S. Mika, B. Schoelkopf, T. Lengauer, K.-R. Mueller

在文件SalzbergWordStringKernel.h29行定义。

继承图,类CSalzbergWordStringKernel
Inheritance graph
[图例]

所有成员的列表。

公有成员

 CSalzbergWordStringKernel (int32_t size, CPluginEstimate *pie, CLabels *labels=NULL)
 CSalzbergWordStringKernel (CStringFeatures< uint16_t > *l, CStringFeatures< uint16_t > *r, CPluginEstimate *pie, CLabels *labels=NULL)
virtual ~CSalzbergWordStringKernel ()
void set_prior_probs (float64_t pos_prior_, float64_t neg_prior_)
void set_prior_probs_from_labels (CLabels *labels)
virtual bool init (CFeatures *l, CFeatures *r)
virtual void cleanup ()
virtual EKernelType get_kernel_type ()
virtual const char * get_name () const

保护成员

float64_t compute (int32_t idx_a, int32_t idx_b)
int32_t compute_index (int32_t position, uint16_t symbol)

保护属性

CPluginEstimateestimate
float64_tmean
float64_tvariance
float64_tsqrtdiag_lhs
float64_tsqrtdiag_rhs
float64_tld_mean_lhs
float64_tld_mean_rhs
int32_t num_params
int32_t num_symbols
float64_t sum_m2_s2
float64_t pos_prior
float64_t neg_prior
bool initialized

构造及析构函数文档

CSalzbergWordStringKernel ( int32_t  size,
CPluginEstimate pie,
CLabels labels = NULL 
)

constructor

参数:
size cache size
pie the plugin estimate
labels optional labels to set prior from

在文件SalzbergWordStringKernel.cpp21行定义。

CSalzbergWordStringKernel ( CStringFeatures< uint16_t > *  l,
CStringFeatures< uint16_t > *  r,
CPluginEstimate pie,
CLabels labels = NULL 
)

constructor

参数:
l features of left-hand side
r features of right-hand side
pie the plugin estimate
labels optional labels to set prior from

在文件SalzbergWordStringKernel.cpp32行定义。

~CSalzbergWordStringKernel (  )  [virtual]

在文件SalzbergWordStringKernel.cpp47行定义。


成员函数文档

void cleanup (  )  [virtual]

clean up kernel

重载CKernel

在文件SalzbergWordStringKernel.cpp288行定义。

float64_t compute ( int32_t  idx_a,
int32_t  idx_b 
) [protected, virtual]

compute kernel function for features a and b idx_{a,b} denote the index of the feature vectors in the corresponding feature object

参数:
idx_a index a
idx_b index b
返回:
computed kernel function at indices a,b

实现了CKernel

在文件SalzbergWordStringKernel.cpp313行定义。

int32_t compute_index ( int32_t  position,
uint16_t  symbol 
) [protected]

compute index of given symbol at given position

参数:
position position
symbol symbol
返回:
index

在文件SalzbergWordStringKernel.h113行定义。

virtual EKernelType get_kernel_type (  )  [virtual]

return what type of kernel we are

返回:
kernel type SALZBERG

实现了CKernel

在文件SalzbergWordStringKernel.h87行定义。

virtual const char* get_name (  )  const [virtual]

return the kernel's name

返回:
name Salzberg

实现了CSGObject

在文件SalzbergWordStringKernel.h93行定义。

bool init ( CFeatures l,
CFeatures r 
) [virtual]

initialize kernel

参数:
l features of left-hand side
r features of right-hand side
返回:
if initializing was successful

重载CStringKernel< uint16_t >

在文件SalzbergWordStringKernel.cpp52行定义。

void set_prior_probs ( float64_t  pos_prior_,
float64_t  neg_prior_ 
)

set prior probs

参数:
pos_prior_ positive prior
neg_prior_ negative prior

在文件SalzbergWordStringKernel.h58行定义。

void set_prior_probs_from_labels ( CLabels labels  ) 

set prior probs from labels

参数:
labels labels to set prior probabilites from

在文件SalzbergWordStringKernel.cpp348行定义。


成员数据文档

CPluginEstimate* estimate [protected]

the plugin estimate

在文件SalzbergWordStringKernel.h120行定义。

bool initialized [protected]

if kernel is initialized

在文件SalzbergWordStringKernel.h148行定义。

float64_t* ld_mean_lhs [protected]

ld mean left-hand side

在文件SalzbergWordStringKernel.h133行定义。

float64_t* ld_mean_rhs [protected]

ld mean right-hand side

在文件SalzbergWordStringKernel.h135行定义。

float64_t* mean [protected]

mean

在文件SalzbergWordStringKernel.h123行定义。

float64_t neg_prior [protected]

negative prior

在文件SalzbergWordStringKernel.h146行定义。

int32_t num_params [protected]

number of params

在文件SalzbergWordStringKernel.h138行定义。

int32_t num_symbols [protected]

number of symbols

在文件SalzbergWordStringKernel.h140行定义。

float64_t pos_prior [protected]

positive prior

在文件SalzbergWordStringKernel.h144行定义。

float64_t* sqrtdiag_lhs [protected]

sqrt diagonal of left-hand side

在文件SalzbergWordStringKernel.h128行定义。

float64_t* sqrtdiag_rhs [protected]

sqrt diagonal of right-hand side

在文件SalzbergWordStringKernel.h130行定义。

float64_t sum_m2_s2 [protected]

sum m2 s2

在文件SalzbergWordStringKernel.h142行定义。

float64_t* variance [protected]

variance

在文件SalzbergWordStringKernel.h125行定义。


该类的文档由以下文件生成:

SHOGUN Machine Learning Toolbox - Documentation